该项目自选址论证、立项以来，社会对其可能带来的环境污染问题质疑不断。2008年，红树林专家、市政协委员王勇军曾提交一份《关于调整“坝光精细化工园区”建设规划的建议》的提案。提案中指出，坝光是深圳市保留不多的天然海岸线之一，坝光精细化工园区的开发建设，对大鹏半岛和大亚湾海域的生态环境和旅游资源将造成永续性的、不可逆转的严重破坏。
但是，该提案未引起政府部门重视，2008年中，龙岗区葵涌街道对坝光社区进行了整体搬迁，工业园的建设工作也逐步铺开。
2011年1月14日，王石突然在其微博爆料称：“听说大鹏湾的精细化工下马了，喜不自禁！”这一微博引起广泛关注。记者第一时间登陆“深圳市精细化工产业园”官方网站，在该网站未发现相关信息；在下午3点多拨打深圳市精细化工产业园区筹建办公室在其官网留下的联系电线，接电话的工作人员告知领导已经下班。深圳市发改委工作人员也以领导外出开会为由，暂时未对此事作出回应。
今天下午18时，记者经过多方打听，最终从深圳市规划国土委获悉，精细化工产业园区项目已确定下马，取而代之的是环保无污染的生物高科技项目。目前，规划国土委正在做生物高科技项目的前期规划工作，即将上报深圳市政府审批。此外，有知情人士透露，该项目极有可能由华大基因进行操作。
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